La Laguna Merín se encuentra situada en el este del país, y es producto de la acumulación hídrica en una depresión tectónica. El espejo lagunar tiene una superficie de 3.750 Km 2 , y una profundidad máxima de 30 m. Junto con la Laguna de los Patos (situada en el estado brasileño de Rio Grande do Sul), forma un sistema lacustre costero.
Esta es una cuenca binacional, ya que la vertiente nordeste se localiza en territorio brasileño. Si bien los principales cursos fluviales desembocan en una laguna litoral e interior, la misma no es definida como cuenca endorreica ya que a través del canal natural de San Gonzalo, se comunican las aguas de la Laguna Merín con la Laguna de los Patos en Brasil; a su vez, esta última está en conexión con el Océano Atlántico a través del Río Grande del Sur.
